Святые учитель и ученик неоднократно встречались на этом месте во время строительства обители в веке XIV и по преданию, отсюда преподобные игумены наблюдали ход строительства, жили во временной келии.
На высоком берегу, над Яузой в XVII веке появляется храм в честь преподобного Сергия Радонежского, прямо против древнего Андроникова монастыря, что поставлен по обету святителем Алексием Московским, возведённый трудами преподобного Андроника, ученика преподобного Сергия.
В веке XVIII был возведён нынешний каменный храм с трёмя престолами: Преподобного Сергия, по первому деревянному храму, Святителя Николая Мирликийского и перенесению его мощей, по названию улицы Николоямской и Троицы Живоначальной, молиться которой завещал преподобный игумен земли Русской.
ХХ век оставил стены, но не сохранил убранства, утвари, обширной библиотеки. Исход того века дал храму новое дыхание в молитве и трудах всех прихожан, которые и доселе подвизаются в становлении жизни величественного храма Троицы Живоначальной - преподобного Сергия Радонежского, что в Рогожской слободе.