Незадолго перед арестом, архиепископ Андроник сказал:
«Поверьте, все это безбожиеи разбой есть вражеское наваждение, скверный налет на русскую добрую и богобоязненную душу. За клятвопреступничество отнял Бог у народа разум и волю, пока не раскаются… а когда раскаются, то сначала постепенно, а потом целиком прозрят все духовно, почувствуют и силу и как Илья Муромец – сбросят тот ужас, который окутал страну нашу. Вот и будем своим твердым, ясным, уверенным словом раскрывать людям правильное отношение к жизни и прежде всего, к покаянию, после которого все от Бога нам возвратиться с лихвою… Может быть, меня на свете не будет, но не покидает меня надежда и уверенность, что Россия воскреснет со своим возвращением к Богу.
Ободряйте всех и примеряйте озлобленных с жизнью, вливайте в них начала светлой жизни по Евангелию Христа. Наше дело - собирать стадо Христово, организовывать живые церковно-народные силы по приходам, чтобы разочаровавшиеся во всяких партиях люди здесь, в Церкви, и среди верующих нашли живую пристань и добрый покой. Воскреснет душа народная – воскреснет и тело ее – наша здоровая государственность. Да помогает Вам Премудрый Господь».
Для выяснения обстоятельств гибели архиепископа, на заседании Собора было принято решение отправить в Пермь комиссию. Выбрали трех человек, но они не смогли выехать. Вместо них на поездку в Пермь решились: архиепископ Василий (Богоявленский), мирянин Алексей Данилович Зверев и присоединившийся к ним в Перми архимандрит Матфей (Померанцев).
Советское правительство дало согласие на расследование и даже предоставило комиссии отдельный вагон. Расследование обстоятельств убийства архиепископа Андроника (Никольского) было проведено, но на обратном пути в Москву, 27 августа 1918 г., за железнодорожным мостом через реку Каму, в вагон ворвались красноармейцы и убили всех троих членов комиссии, расстреляв и изрубив шашками. Тела выбросили из поезда. Материалы расследования, а также значительная сумма денег, собранная на нужды Поместного Собора, исчезли. Местные крестьяне похоронили тела мучеников и к их могиле начались паломничества. Тогда большевики вырыли тела и предали сожжению.